W Małych Pieninach istnieje kilka rezerwatów przyrody. Na obszarze najciekawszej i najcenniejszej pod względem przyrodniczym środkowej część Pienin utworzono dwa Parki Narodowe – Pieniński Park Narodowy po stronie polskiej i Pieninský národný park (PIENAP) po stronie słowackiej. 

Rezerwaty przyrody:

- rezerwat przyrody Wąwóz Homole

- rezerwat przyrody Wysokie Skałki

- rezerwat przyrody Zaskalskie-Bodnarówka

- rezerwat przyrody Biała Woda

- rezerwat przyrody Przełom Białki pod Krempachami

Oprócz dużej atrakcyjności krajobrazowej, Pieniny cechuje tajże bardzo zróżnicowana szata roślinna. Wpływają na to wiele czynników:

- specyficzny klimat;

- niepokrycie lodowcem podczas trzeciorzędowych zlodowaceń;

- stromość części stoków uniemożliwiająca rozrastanie się lasów;

- sąsiedztwo Tatr.

- podłoże wapienne;

- zróżnicowana morfologia;

Pieniny od strony południowej graniczą z Magurą Spiską, od strony północnej z Beskidem Sądeckim oraz Gorcami. Pasmo Pienin rozciąga się o długości około 30 km od przełomu Białki na wschodzie. Przełomy Dunajca, dzielą Pieniny na 3 części:

- Małe Pieniny - sięgają do doliny Popradu, a najwyższy szczytem jest Wysoka – 1052 m n.p.m.

- Pieniny Środkowe (Pieniny Właściwe), często określa się je po prostu Pieninami, od Niedzicy do Przełomu Dunajca między Sromowcami Niżnymi a Szczawnicą (w granicach Polski). Najwyższym szczytem są Trzy Korony – 982 m n.p.m. (najwybitniejszy szczyt w całych Pieninach);

- Pieniny Spiskie, między doliną Białki a przełomem Dunajca pod Niedzicą. Najwyższy szczyt Żar (Branisko) – 879 m n.p.m.;

Duża odporność skał wapiennych na erozję z jakich zbudowane są Pieniny spowodowała wypreparowanie ich z fliszowej osłony, dzięki temu powstały efektowne formacje skalne (przykładowo: Trzy Korony, Sokolica, Czertezik).